При цьому у відомстві кажуть, що реєстр є складним IT-продуктом, який під час роботи на початковому етапі необхідно вдосконалювати, і зараз тривають роботи з виявлення технічних помилок та їх усунення. Для обговорення роботи системи створено спеціальний форум.
Третього квітня Мінфін запустив он-лайн реєстр автоматичного відшкодування ПДВ. Програма виявилась недосконалою і працювала з великими перебоями.